По его просьбе, он был уволен в монашеское звание. После трехлетнего пребывания в Александро-Невской Лавре, в 1747 г. был пострижен с именем Феодор.
В Лавре монах Феодор подвизался около десяти лет, был отмечен как истинный монах будущим Императором Петром III. Нашлось, однако, много завистников его славе, и в 1757 г. он отправился в давно желанную Саровскую пустынь Темниковского уезда Тамбовской губернии.
В то время Санаксарская обитель была бедной и полупустой. Монах Феодор энергично взялся за благоустройство монастыря. В 1762 г. Тамбовский епископ Пахомий, зная отца Феодора, призвал его к себе, убеждая принять священство и стать настоятелем. По своему смирению старец долго отказывался, но все же был убежден епископом и рукоположен в иеромонахи с поручением нести обязанности настоятеля.
По уставу, положенному преподобным Феодором, богослужения в обители совершались по 10-12 часов. Каждый брат был обязан немедленно исповедовать любой помысел своему духовнику. На общей трапезе присутствовали все монахи, за исключением тяжело больных. Пища была простой и умеренной, без пирогов и белого хлеба, который не полагалось вкушать даже на Пасху. В кельях не полагалось иметь никаких запоров. Каждому брату для назидания выдавались из библиотеки одна-две книги. На общие монастырские труды - на покосы, ловлю рыбы - обязаны были ходить все. С братией выходил на работы и сам настоятель.
Для духовно-нравственного просвещения святой Феодор постоянно говорил общие поучения для братии - в храме, трапезе и в кельях, научая отсекать свою волю, внимать советам старцев и подвизаться тесным, скорбным путем. Не оставлял отец Феодор без наставлений и мирян, обращавшихся за утешением и вразумлением. Богатым советовал не прилепляться к богатству, уделяя из него бедным, бедняков призывал к неленостному труду и честному исполнению своих обязанностей.
Сама жизнь настоятеля была поучительной - старца отличали смиренномудрие, кротость, незлобие, прямодушие и одинаковая по отношению ко всем ласковость.
При такой благочестивой жизни преподобного Феодора имя его становилось все более известным, и к нему стремились многие люди. В 1765 г. по указу Императрицы Санаксарская пустынь стала именоваться Богородицким монастырем. С этого времени увеличилось число братии, и трудами отца Феодора на пожертвования благотворителей, в том числе Екатерины II, вместо деревянной церкви была выстроена каменная двухэтажная.
Когда святой Феодор оставил Александро-Невскую Лавру, за ним вместе отправились многие его ученики и ученицы из Петербурга. Последних он разместил в Николаевском женском монастыре в Арзамасе, затем они были переведены в Алексеевский девичий монастырь. Хотя община управлялась настоятельницей, благочестивые труженицы всегда обращались за советами к отцу Феодору.
Со временем преподобному Феодору пришлось пережить тяжелое испытание. По доносу Темниковского воеводы, основанному на ложных обвинениях, старец в 1774 г. был сослан в Соловецкий монастырь. Для допросов отец Феодор был вызываем в Воронеж, а оттуда заезжал в Задонский монастырь к пребывающему там на покое святителю Тихону, ученики которого говорили, что никому другому он не был так рад, как отцу Феодору; три дня продолжалась между ними духовная беседа. При отъезде святитель Тихон провожал преподобного Феодора через весь монастырь, очень низко кланяясь напоследок. В Соловецком монастыре старцу пришлось прожить девять лет в строгом заключении, нуждаясь в самом необходимом и испытывая страдания от холода и сильного угара. Не раз отец Феодор был близок к смерти, и его едва живого выносили из кельи и оттирали снегом.
Но и в этом месте заключения братия Санаксарской обители и сестры Алексеевской общины не оставляли своего любимого наставника, оказывая материальную поддержку и испрашивая молитв к прохождению трудных путей монашества.
Наконец, по ходатайству митрополита Санкт-Петербургского Гавриила и Высочайшему повелению Екатерины II иеромонах Феодор получил полную свободу и возвратился в родную Санаксарскую обитель. С великой радостью монахи и монахини встречали своего любимого духовного отца, плача от радости, целуя ему руки и кланяясь до земли в ноги. Преподав пастырское благословение, он благодарил всех за память и любовь.
Водворившись в своей любимой обители, старец продолжал усердно работать Господу. После непродолжительной болезни преподобный Феодор скончался в ночь на 19 февраля/4 марта 1791 г. Тело его было погребено в обители, могила ограждена чугунной решеткой, а на могиле положена плита с надписью о времени кончины подвижника и восстановителя Санаксарской обители.
